تضم هيئة المتحف القومى للحضارة المصرية مجموعة من المعامل العلمية البحثية المتخصصة فى التحاليل الدقيقة والتى تخدم العمل فى المجال الأثرى وكذلك البحث العلمى فى جميع المجالات المختلفة ونستعرض في السطور التالية 3 من المعامل هي:

تقدم وحدة الفحص المجهري لدينا خدمة شاملة للباحثين وتوفر الدعم الفني والمنهجي في تطوير المشاريع التي تتطلب هذه التقنيات مثل علم الأحياء والجيولوجيا والهندسة والطب وعلم الآثار. تحتوى الوحدة على: الميكروسكوب المجسم ، الميكروسكوب المعدني المقلوب، الميكروسكوب المستقطب، الميكروسكوب الفلورسنتي.

تقوم وحدة الكروماتوجرافي بفصل وتحديد والقياس الكمي للمواد العضوية الموجودة في العينة. لذلك تستخدم لتحليل مجموعة واسعة من المواد العضوية ، بما في ذلك الدهون والبروتينات والكربوهيدرات والراتنجات والشموع والأصباغ والمستخلصات النباتية والدهون الحيوانية والجزيئات الحيوية الأخرى. تحتوي الوحدة على جهازين رئيسيين (UPLC-ToF) و (GC-MS-HS).

يعتبر معمل الحمض النووى القديم أول مختبر مرجعي في إفريقيا لدراسة الحمض النووي القديم للإنسان والحيوان والنبات. يهدف المختبر لتأسيس طرق متطورة لإستخلاص وتحليل العينات البيولوجية الأثرية المختلفة لإرسائها مستقبلاً كتحليل روتيني. كما يقوم المعمل بدراسة القرابة البشرية بالإضافة إلى دراسة الأمراض فى البيئة فى مصر القديمة. يحتوى المعمل على العديد من الاجهزة المتطورة والمتخصصة فى تحاليل الحمض النووى.